การเดินทางทางน้ำของไทยมีมาตั้งแต่สมัยกรุงสุโขทัยเป็นราชธานี ซึ่งเป็นอาณาจักร หรือรัฐในอดีตรัฐหนึ่ง ตั้งอยู่บนที่ราบลุ่มแม่น้ำยม โดยการขนส่งทางน้ำ เริ่มจากการใช้ท่อนไม้ลอยน้ำเป็นตัวพยุง ต่อมานำท่อนไม้มาผูกเป็นแพลอยน้ำ ปัจจุบันใช้เรือที่มีเครื่องยนต์ที่ใช้เชื้อเพลิงจากน้ำมัน จนถึงใช้พลังงานนิวเคลียร์ จากการที่คนไทยมีวิถีชีวิตที่ผูกพันกับน้ำ ก่อให้เกิดพิธีกรรมหรือประเพณีที่เกี่ยวข้องกับน้ำ เช่น การลอยกระทง กระทำขึ้นเพื่อเป็นการขอขมาและขอบคุณน้ำ ประเพณีการแข่งเรือ เป็นต้น


     การขนส่งทางน้ำ ถือได้ว่าเป็นการขนส่งที่สะดวกที่สุดในอดีต ทั้งนี้เนื่องจากการเดินทางทางบกค่อนข้างลำบาก เพราะต้องเดินไปตามป่า เขา เส้นทางลาดชัน การเดินทางทางน้ำจึงเป็นทางเลือกที่ดีที่สุดในขณะนั้น ไม่ว่าจะเป็นเจ้าแผ่นดิน ขุนนาง หรือแม้แต่ประชาชนทั่วไป ก็เดินทางทางน้ำ ดังข้อมูลประวัติศาสตร์ที่ได้มีการบันทึกไว้ เช่น การเสด็จจากเมืองละโว้ไปยังเมืองลำพูนของพระนางจามเทวี


     เมื่อกรุงสุโขทัยเริ่มเสื่อมอำนาจลง กรุงศรีอยุธยาเข้ามามีบทบาทในการเป็นเมืองศูนย์กลางการปกครอง การค้าขาย ประกอบกับตั้งอยู่ในตำแหน่งที่สะดวกต่อการเดินทางทางน้ำ คือ สามารถเดินทางไปยังส่วนภูมิภาคตามลำน้ำสำคัญ เช่น แม่น้ำปิง แม่น้ำน่าน และสามารถเดินทางออกทะเลได้ง่าย ส่งผลทำให้กรุงศรีอยุธยากลายเป็นศูนย์กลางการค้าที่สำคัญในยุคนั้น ในสมัยกรุงศรีอยุธยาเป็นราชธานี โดยเฉพาะในรัชสมัยของพระนารายณ์มหาราช ที่การค้าทางเรือเจริญรุ่งเรืองเป็นอย่างมาก มีการติดต่อค้าขายทางเรือกับต่างชาติ เช่น สเปน ฮอลันดา ญี่ปุ่น อังกฤษ เดนมาร์ก และฝรั่งเศส เข้ามาติดต่อค้าขายตามลำดับ ซึ่งการค้าขายกับต่างชาติจะอยู่ในความควบคุมดูแลของกรมพระคลังสินค้า ซึ่งสันนิษฐานว่าตั้งขึ้นในสมัยพระเจ้าประสาททอง เป็นหน่วยงานหลวงเพื่อผูกขาดสินค้าบางอย่างเป็นสินค้าต้องห้าม ไม่ให้พ่อค้าประชาชนซื้อขายโดยตรง นอกจากผูกขาดซื้อขายสินค้าแล้ว พระคลังสินค้ายังมีหน้าที่เรียกเก็บค่าธรรมเนียมเรือสินค้าต่างชาติ ค่าภาษีสินค้าและค่าธรรมเนียมเข้าออก ซึ่งในขณะนั้นเรียกหน่วยงานนี้ว่า “เจ้าท่า”

     คำว่า "เจ้าท่า" มีมาตั้งแต่รัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ในรัชกาลพระองค์ การค้าขายทางเรือกับต่างชาติปรากฏว่า รุ่งเรืองยิ่งกว่าสมัยใด ๆ ในยุคนั้น คำว่า "เจ้าท่า" สันนิษฐานว่ามาจากภาษาเปอร์เซีย ซึ่งเรียกว่าเจ้าท่าว่า "Shah Bardar"

     เจ้าท่าสมัยกรุงธนบุรีเป็นราชธานี พระเจ้าตากสินมหาราช ทรงตั้งเจ้าท่าเพื่อดูแลตรวจตราบรรดาเรือแพ และเก็บค่าธรรมเนียมเรือค้าขายหรือเรือที่เข้าออกประเทศไทย

     เจ้าท่าสมัยกรุงรัตนโกสินทร์เป็นราชธานี พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่ เกล้าเจ้าอยู่หัว เมื่อครั้งยังดำรงพระยศเป็นพระเจ้าลูกยาเธอกรมหมื่น เจษฎาบดินทร์ ได้ว่าการกรมท่า และได้ทรงจัดการคลังของประเทศให้มีรายได้มากยิ่งขึ้นกว่าแต่กาลก่อน

     การค้าขายในอดีตที่อาศัยเส้นทางน้ำ ซึ่งเป็นเส้นทางคมนาคมที่สะดวกที่สุด ทั้งทางราชการและราษฏรอาศัยแม่น้ำลำคลองเป็นทางสัญจร มีการขุดลอกคลองให้ลึกหรือขุดคลองเพิ่มเติม หรือเชื่อมโยงแม่น้ำกับแม่น้ำ หรือแม่น้ำกับทะเล เพื่อความสะดวกในการใช้เรือพายหรือเรือแจวชนิดต่างๆ และบางทีก็ใช้เรือใบ นอกจากนั้นยังมีการค้าทางทะเลกับประเทศจีนในระบบรัฐบรรณาการ เช่น ในรัชกาลที่ 1 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ ได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าให้ขุนแกล้งกลางสมุทร บุตรเขยพระยานครศรีธรรมราช เดิมเป็นเจ้าพนักงานคุมเรือสำเภาหลวงไปทำการค้าขาย ตามเมืองแขกและเมืองจีน แต่ไม่ใช่ตำแหน่งนายเรือ เป็นตำแหน่งเจ้าพนักงานสินค้า (จุ้นจุ๊) มีบรรดาศักดิ์ใหม่ว่าพระวิเศษภาษาราชานุติสการ เป็นพนักงานเจ้าท่าแห่งเมืองนครศรีธรรมราช

     หน้าที่ของเจ้าท่าในครั้งนั้นปรากฏว่า นอกจากการควบคุมท่าเรือแล้ว ยังมีหน้าที่ในทางควบคุมการเก็บภาษีอากรควบกันไปด้วย โดยอาศัยการเจรจาทำความเข้าใจกันด้วยภาษาต่างประเทศ เช่น ภาษามลายู ภาษาจีน ภาษาโปรตุเกส เป็นหลัก


     ต่อมาสมัยรัชกาลที่ 4 (พ.ศ. 2396) มีพระบรมราชโองการให้กัปตันบุช คนอังกฤษจัดสร้างประภาคาร ซึ่งเป็นเครื่องหมายการเดินเรือที่สันดอน ปากแม่น้ำเจ้าพระยา เรียกว่า ประภาคารสันดอน และวางสามขากับทั้งทุ่นหมายร่องน้ำทางเดินเรือตั้งแต่ปากอ่าว แม่น้ำเจ้าพระยาไปตามชายฝั่งตะวันออก จนถึงเขตจังหวัดระยองและจันทบุรี มอบให้กัปตันบุชเป็นทั้งเจ้าหน้าที่ผู้จัดการ ซ่อมทำและดูแลรักษาด้วย นับเป็นงานแรกเริ่มวางรากฐานการร่องน้ำ และเครื่องหมายทางเดินเรือเป็นต้นมา.

     พ.ศ. 2403 ในรัชกาลที่ 4 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าให้ตราพระราชบัญญัติว่าด้วยเรือใหญ่ 10 มาตรา เรือเล็ก 7 มาตรา แพและโพงพางและของลอยน้ำ 3 มาตรา ทางบก 4 มาตรา รวม 24 มาตรา นิยมเรียกกันว่า “กฎหมายท้องน้ำ” กฎหมายนี้ให้อำนาจหน้าที่แก่เจ้าท่าในอันที่จะกำหนดที่จอดทอดสมอ ตรวจตราท้องน้ำมิให้มีสิ่งใดกีดขวางต่อทางเดินเรือ รับแจ้งเหตุเรือโดนกัน และผู้คนเป็นอันตรายเพื่อเจ้าท่าจะได้นำความ ไปแจ้งแก่ผู้ที่ควรจะชำระคดีได้ มีข้อความในมาตรา 1 แห่งกฎหมายท้องน้ำ พ.ศ. 2403 กล่าวไว้ตอนหนึ่งดังนี้ “ถ้าเรือจะล่องออกไปเรือลูกค้าต่างประเทศก็ดี เรือลูกค้าในกรุงเทพฯ พระมหานครที่ใช้กัปตัน ต้นหนคนชาวยุโรปก็ดีให้บอกกับหลวงวิสูตรสาครดิฐ หับประมาระสแตน (Harbour Master) เจ้าท่าให้รู้ก่อน แล้วไปขอหนังสือเบิกร่อง แก่เจ้าพนักงานที่โรงภาษีแต่เรือลูกค้าที่ใช้ธงจีน แขก ตามประเทศของตัวนั้นให้บอกเจ้าพนักงานกรมท่าซ้าย กรมท่าขวา ขอเบิกร่องไปตามธรรมเนียม เรือร่องลงไปถึงด่านให้แวะทอดสมอที่ด่าน เอาหนังสือเบิกร่องไปส่งให้เจ้าพนักงานที่ด่าน เจ้าพนักงานตรวจดูแล้วไม่มีเหตุเกี่ยวข้องสิ่งใดจึงให้ล่องลงไป ถ้าเรือขึ้นล่องไม่แวะด่าน ทำให้ผิดต่อหนังสือสัญญาจะปรับไหมเป็นเงิน 900 บาท ตามในหนังสือสัญญาที่ว่าไว้ ถ้าเรือไปเข้าปากน้ำหัวเมืองใดๆ เรือเข้าเรือออกให้ทอดสมอที่ด่านไปแจ้งต่อผู้สำเร็จราชการเมือง จะบังคับประการใดให้ลูกค้าทำตามบังคับกฎหมายและข้อสัญญา”


     ในปี พ.ศ. 2493 รัชกาลที่ 5 โปรดเกล้าฯ ให้ยกฐานะเวรท่าขึ้นเป็นกรมเจ้าท่า ตั้งที่ทำการที่ตึกเจ๊สัวเส็ง ริมแม่น้ำเจ้าพระยา ตำบลตลาดน้อย ตรงข้ามปากคลองสาน คือ ที่ตั้งกรมเจ้าท่าอยู่ในปัจจุบัน และต่อมาย้ายไปสังกัดกระทรวงนครบาล

     ปี พ.ศ. 2448 มีการปรับปรุงกิจการของกรมเจ้าท่า เริ่มมีการจดทะเบียนออกใบอนุญาตใช้เรือในเขตมณฑลกรุงเทพฯ คือจังหวัดพระนคร ธนบุรี สมุทรปราการ พระประแดง นนทบุรี ปทุมธานี ธัญญบุรี มินบุรี ยกงานบางส่วนของกรมคลองมารวมในกิจการของกรมเจ้าท่า คือ การรักษาลำน้ำ ลำคลอง และกำหนดเขตท่าที่ทอดจอดเรือให้กว้างขวางยิ่งขึ้น และในปี พ.ศ. 2484 กรมเจ้าท่าได้โอนสังกัดมาขึ้นอยู่กับ กระทรวงคมนาคมจนกระทั่งปัจจุบัน ซึ่งมีหน้าที่ควบคุมและบริหารงานเกี่ยวกับการขนส่ง – โดยสารทางน้ำโดยทั่วๆ ไป อันได้แก่การจดทะเบียนเรือ การนำร่อง การกำหนดมาตรฐานและออกใบรับรองเจ้าหน้าที่ประจำเรือ ควบคุมการใช้เรือหรือยานพาหนะอื่นๆ ทางน้ำหรือสิ่งล่วงล้ำลำน้ำต่างๆ ปรับปรุงดูแลรักษาแม่น้ำลำคลอง หรือเส้นทางน้ำโดยทั่วๆ ไป ปรับปรุงหรือก่อสร้างท่าเทียบเรือ ให้สามารถใช้เป็นเส้นทางขนส่ง หรือใช้สัญจรไปมา หรือการปลูกสร้างสิ่งอำนวยความสะดวกต่างๆ ในการเดินเรือ


     การขนส่งทางน้ำ ก่อน ปี พ.ศ. 2485 การติดต่อคมนาคม ตลอดจนการขนส่งสินค้าของประเทศไทย ได้อาศัยเส้นทางจราจรทางน้ำเป็นหลัก โดยเรือเมล์เขียว เรือเมล์แดง ตลอดจนขบวนเรือโยงที่แล่นผ่านไปมาตามแม่น้ำสายต่างๆ ของประเทศไทย โดยเฉพาะอย่างยิ่งแม่น้ำเจ้าพระยา

     จนกระทั่งถึงปี พ.ศ.2504 ซึ่งเป็นปีแรกของการประกาศใช้แผนพัฒนาฯ ฉบับที่ 1 การคมนาคมและขนส่งทางน้ำก็เริ่มถูกละเลย เมื่อแนวทางการพัฒนาของชาติ หันมามุ่งเน้นการพัฒนาระบบถนนหนทางเป็นหลัก ประเทศไทยเริ่มมีถนนดีๆ มากมายหลายสาย รถยนต์เริ่มหลั่งไหลเข้ามาแทนที่ และในที่สุดเรือเมล์แดง เรือเมล์เขียวตลอดจนขบวนเรือข้าวก็เริ่มหายไป แม้จะมีหลงเหลืออยู่บ้างก็ขาดความเอาใจใส่เหลียวแล ทั้งจากรัฐและเอกชน

     จนกระทั่งแผนพัฒนาฯ ฉบับที่ 5 ซึ่งเป็นจุดที่โลกก้าวเข้าสู่ภาวะน้ำมันราคาแพง แนวความคิดที่จะประหยัดค่าใช้จ่าย สำหรับพลังงานเพื่อใช้ในการขนส่ง ได้กลายเป็นเงื่อนไขสำคัญของการวางแผนพัฒนาประเทศ และแนวความคิดนี้เองเป็นผลให้การขนส่งทางน้ำที่ถูกละเลย ได้รับความสนใจอีกครั้งหนึ่ง

     ก่อนหน้านั้น เมื่อปี พ.ศ. 2515 มีคณะเจ้าหน้าที่จากธนาคารโลก ได้เข้ามาสำรวจสภาพการขนส่งของประเทศไทย และได้เสนอรายงานว่า เป็นความเข้าใจผิดของคนไทยเป็นอย่างมาก ที่พากันเข้าใจว่าการขนส่งทางน้ำเป็นการขนส่งที่ล้าสมัย ซึ่งก่อให้เกิดความสูญเสียทางเศรษฐกิจอย่างใหญ่หลวง จากการทอดทิ้งการขนส่งทางน้ำ เพราะสินค้าหลายอย่าง เช่น สินค้าแร่ พืชไร่ทางการเกษตร น้ำมัน วัสดุก่อสร้าง ไม้ซุง ควรจะใช้วิธีขนส่งทางน้ำเพราะราคาถูก สะดวก ปลอดภัยกว่า แต่กลับมาใช้การขนส่งทางบก ทำให้ถนนต้องแบกภาระหนัก เสียค่าบำรุงรักษาจำนวนมหาศาล และเกิดความคับคั่งมากกว่าที่ควรจะเป็น นอกจากนี้โดยข้อเท็จจริงแล้ว การขนส่งทางน้ำสามารถขนส่งได้คราวละมากๆ ค่าขนส่งโดยเฉลี่ยต่อหน่วยถูกกว่าการขนส่งโดยวิธีอื่นๆ และการใช้น้ำมันเชื้อเพลิงก็น้อยกว่ามาก เมื่อเทียบกับสินค้าที่ต้องการขนส่งจำนวนเท่ากัน ผลจากการวิจัย เรื่องผลกระทบของการขึ้นราคาน้ำมัน ต่อการขนส่งทางน้ำและทางบก ซึ่งเป็นโครงการวิจัยตามความช่วยเหลือทางการเงิน จากโครงการพัฒนาของสหประชาชาติ เมื่อเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2524 พบว่าการขนส่งทางน้ำโดยขบวนเรือลากจูงขนาด 320 ตัน เปรียบเทียบกับการขนส่งทางบกโดยใช้รถบรรทุก 10 ล้อขนาด 13 ตัน ความเร็ว 70 กม./ชม. ต้นทุนการขนส่งทางน้ำต่อหน่วยจะเป็น 0.0899 บาท/ตัน/กม. เทียบกับทางบกซึ่งเท่ากับ 0.3391 บาท/ตัน/กม. ซึ่งจะเห็นได้ชัดเจนว่าถ้าหากใช้การขนส่งทางน้ำจะประหยัดได้ถึง 0.2492 บาท/ตัน/กม. หรือประหยัดลงเกือบ 4 เท่าตัว ดังนั้นสำหรับสินค้าที่ไม่ต้องการความจำเป็นเร่งด่วน ก็น่าจะหันมาใช้การขนส่งทางน้ำซึ่งถูกกว่าและประหยัดกว่า

     ขณะเดียวกันแม่น้ำหลายสายในประเทศไทย ยังใช้การได้อยู่เพียงแต่มีการปรับปรุงให้เหมาะสมขึ้น รวมไปถึงการที่เรามีเรือบรรทุกในรูปแบบต่างๆ ที่พร้อมจะใช้เพื่อการขนส่ง ดังนั้นตั้งแต่แผนพัฒนาฯ ฉบับที่ 5 จึงได้กำหนดนโยบายให้การขนส่งทางน้ำเป็นแผนงานสำคัญอีกแผนหนึ่ง และได้ตั้งเป้าหมายที่จะเพิ่มปริมาณการขนส่งทางน้ำจาก 1,549,000 ตันในปี พ.ศ. 2521 เป็น 2,200,000 ตันในปี พ.ศ. 2529 (ไม่รวมสินค้าประเภทวัสดุก่อสร้าง) หรือเท่ากับร้อยละ 17.5 ของปริมาณการขนส่งทุกประเภทของประเทศรวมกัน ขณะเดียวกันก็ได้กำหนดแผนงานพัฒนาที่เป็นรูปธรรมขึ้น โดยจะมุ่งเน้นในเขตแม่น้ำเจ้าพระยาและแม่น้ำน่าน


     การขนส่งทางน้ำในภาคเหนือ มีแม่น้ำปิงเป็นแม่น้ำสายสำคัญ ซึ่งไหลจากเทือกเขาผีปันน้ำในพื้นที่อำเภอเชียงดาว ผ่านจังหวัดเชียงใหม่ จังหวัดลำพูน ไปบรรจบกับแม่น้ำวังวังที่บ้านปากวัง อำเภอบ้านตาก จังหวัดตาก ผ่านจังหวัดกำแพงเพชร ไปบรรจบกับแม่น้ำน่าน แม่น้ำยมที่ปากน้ำโพ ตำบลแควใหญ่ อำเภอเมือง จังหวัดนครสวรรค์ (แม่น้ำน่านกับแม่น้ำยมบรรจบกันที่อำเภอชาแสง จังหวัดนครสวรรค์) เป็นต้นน้ำแม่น้ำเจ้าพระยา ไหลลงอ่าวไทยที่ปากน้ำ จังหวัดสมุทรปราการ ในอดีตแม่น้ำปิงจึงเป็นเส้นทางการเดินทางระหว่างเมืองเหนือ – เมืองใต้ และเป็นเส้นทางการค้าทางเรือ โดยใช้เวลาขาขึ้นจากกรุงเทพฯ ถึงเชียงใหม่ ประมาณเดือนครึ่งถึงสามเดือน ขาล่องจากเชียงใหม่ถึงกรุงเทพฯ ใช้เวลาประมาณ 15 วัน - 1 เดือน ตามแต่ระดับน้ำในแต่ละฤดูกาล ผ่านแก่งจำนวน 44 แห่ง


     ในช่วงปี พ.ศ. 2441 รัชกาลที่ 5 โปรดฯ ให้สร้างทางรถไฟสายเหนือ ช่วงแรกถึงปากน้ำโพเมื่อ 1 พฤศจิกายน พ.ศ. 2448 การเดินทางและการขนสินค้าจากกรุงเทพฯ ขึ้นเหนือจึงใช้รถไฟจากกรุงเทพฯ ถึงปากน้ำโพ แล้วลงเรือต่อขึ้นเมืองเหนือ ครั้น 1 เมษายน พ.ศ. 2459 ทางรถไฟสายเหนือถึงนครลำปาง จึงขึ้นเชียงใหม่ก็ยังต้องต่อเรือลงตามแม่น้ำวังและแม่น้ำปิง

     1 เมษายน พ.ศ. 2461 สร้างอุโมงค์ขุนตาลเสร็จ รถไฟสายเหนือขึ้นไปถึงสถานีเชียงใหม่ (คำเมือง “ปลายราง”) เมื่อวันที่ 1 มกราคม พ.ศ. 2464 การเดินทางและการขนส่งสินค้าขึ้น – ล่อง ระหว่างกรุงเทพฯ – เชียงใหม่ ได้ใช้ทางรถไฟมากขึ้น การเดินทางและการค้าทางเรือในสายน้ำแม่ปิงก็เริ่มลดลง